सीमा सड़क संगठन को केन्द्रीकृत एवं समरूप लेखा परीक्षा,भुगतान, लेखा विधि और वित्तीय सलाह प्रदान करने के उद्देश्य से दिनांक 1/4/1991 को एक स्वतंत्र रक्षा लेखा नियंत्रक अर्थात रक्षा लेखा नियंत्रक ( सीमा सड़क ) का गठन किया गया। इससे पहले रक्षा लेखा नियंत्रक ( सीमा सड़क ) के कार्यों का निर्वाहन उन क्षेत्रीय नियंत्रकों द्वारा किया जाता था जिनके अधिकार क्षेत्र में ग्रेफ यूनिट स्थित थी। रक्षा लेखा प्रधान नियंत्रक ( सीमा सड़क) रक्षा मंत्रालय ( वित्त) के अंतर्गत रक्षा लेखा विभाग का एक प्रतिष्ठान है। भारत सरकार, रक्षा मंत्रालय ( वित्त) के दिनांक 26 मई 2009 के पत्र संख्या F.I(1)/1c/2005 द्वारा रक्षा लेखा नियंत्रक ( सीमा सड़क) का अपग्रेडेशन रक्षा लेखा प्रधान नियंत्रक ( सीमा सड़क) के रूप में किया गया। कार्यालय रक्षा लेखा प्रधान नियंत्रक ( सीमा सड़क) रक्षा लेखा महानियंत्रक,नई दिल्ली के प्रशासनिक नियंत्रणाधीन है।

रक्षा लेखा प्रधान नियंत्रक ( सीमा सड़क) अपने क्षेत्रीय कार्यालयों रक्षा लेखा नियंत्रक ( सी.स.) गुवाहाटी, रक्षा लेखा संयुक्त नियंत्रक ( सी.स.) चंडीगढ़, लेखा कार्यालय ( परियोजना), लेखा कार्यालय कृतक बल द्वारा विदेश (भूटान ) सहित पूरे देश की लंबाई और चौड़ाई में फैले हुए है, का लेखा परीक्षा,भुगतान, लेखा विधि और वित्तीय सलाह जैसे कार्यों का निर्वाहन करते है। सीमा सड़क महानिदेशालय के मुख्यालय से संबंधित लेखा परीक्षा,भुगतान, लेखा विधि और वित्तीय सलाह के मामलों का निपटान मुख्य कार्यालय, रक्षा लेखा प्रधान नियंत्रक ( सीमा सड़क) द्वारा किया जाता है। ग्रेफ कर्मचारियों के वेतन एवं भत्तों का निपटान वेतन लेखा कार्यालय ( ग्रेफ) पुणे द्वारा किया जाता है।